【教你使用NCBI,PDB数据库】在生物信息学研究中，NCBI（美国国家生物技术信息中心）和PDB（蛋白质数据银行）是两个非常重要的数据库资源。它们为科学家提供了大量关于基因序列、蛋白质结构以及分子生物学相关数据的存储与查询服务。掌握如何高效地使用这两个数据库，对于从事生命科学、药物研发、结构生物学等领域的研究人员来说至关重要。

一、NCBI数据库简介

NCBI是由美国国立卫生研究院（NIH）下属的一个机构，致力于提供生物医学信息的存储、检索与分析工具。它包含多个子数据库，如GenBank、PubMed、Gene、Taxonomy等，涵盖了从基因序列到文献资料的广泛内容。

1. 访问方式

你可以通过官方网站 [https://www.ncbi.nlm.nih.gov](https://www.ncbi.nlm.nih.gov) 进入NCBI平台。首页提供了多种搜索入口，包括“Search”、“Database”、“Tools”等模块。

2. 常用功能介绍

- GenBank：用于查询已知的基因序列信息。

- PubMed：用于查找生物医学领域的学术论文。

- BLAST：一种用于比对DNA或蛋白质序列的工具，帮助发现同源序列。

- Entrez：一个强大的多数据库检索系统，可以跨库进行联合查询。

3. 使用技巧

- 利用“Advanced Search”进行更精确的条件筛选。

- 使用“History”功能保存多次搜索结果，便于后续分析。

- 结合“Download”选项将数据导出为FASTA、CSV等格式，方便后续处理。

二、PDB数据库简介

PDB（Protein Data Bank）是一个专门存储蛋白质和核酸三维结构数据的数据库。这些结构信息通常来源于X射线晶体学、核磁共振（NMR）和冷冻电镜（Cryo-EM）等实验方法。

1. 访问方式

访问地址为 [https://www.rcsb.org](https://www.rcsb.org)，该网站提供了丰富的可视化工具和结构分析功能。

2. 常用功能介绍

- Search：可以通过蛋白质名称、ID、功能描述等方式进行搜索。

- Structure Viewer：支持3D结构的在线查看与旋转，帮助理解分子构象。

- Sequence Alignment：可将PDB中的结构信息与基因序列进行比对。

- Molecule of the Month：每月推荐一个具有代表性的蛋白质结构，适合学习和教学。

3. 使用技巧

- 使用“Quick Search”快速定位目标蛋白。

- 利用“Download”功能获取结构文件（如.pdb格式）。

- 参考“Explore”页面了解不同结构的实验方法和分辨率信息。

三、结合使用建议

在实际研究中，常常需要将NCBI中的基因序列信息与PDB中的蛋白质结构信息结合起来分析。例如：

- 通过NCBI获取某个基因的mRNA或蛋白质序列；

- 在PDB中找到该蛋白质的三维结构；

- 使用软件如PyMOL、Chimera等进行结构分析与可视化；

- 结合BLAST等工具进行结构域分析或同源建模。

四、总结

NCBI和PDB作为生物信息学领域的重要资源，不仅为科研人员提供了海量的数据支持，也极大提升了研究效率。熟练掌握它们的使用方法，能够帮助你在基因分析、结构预测、药物设计等多个方向上取得更好的成果。希望本文能为你提供实用的操作指南，助你更高效地利用这些宝贵的资源。